反渗透系统最终是需要进行清洗的，在RO系统表现出污染的倾向、长时间停运之前、或按计划进行常规保养时，则建议清洗RO系统。当出现下列污染特征(标准化后产水量下降10~15%，标准化后产水水质下降10~15%，或者给水与浓水间的压降增加10~15%)时，表明该RO系统需要清洗了。
由于RO系统出现污垢而需要清洗的频率随地点的不同而不同，一般习惯上可接受的清洗频率是3~12个月一次。如果每个月不得不清洗一次以上，那么就应该改善RO的预处理系统，调整RO系统的运行参数，如果每1~3个月需要清洗一次，则需要在提高当前设备的运行水平上做工作，但是否需要改进预处理系统较难判断。
在RO设计中通常会忽视使用RO产品水冲洗系统中的污垢，采用该法可减少RO的清洗次数。在设备停运期间用产品水浸泡RO膜组件有助于溶解垢和松散沉积物，因此降低化学清洗频度。　
污垢地点不同所需要清洗掉的污垢物也不同，但往往存在的污染物不止一种，因此使问题复杂化，常见的污染物种类有：　
·碳酸钙垢
·硫酸钙、硫酸钡、硫酸锶垢
·铁、锰、铝等的金属氧化物
·二氧化硅
·胶体沉积物(无机或无机/有机混合物)
·自然或合成有机物
·生物质(生物污泥、霉菌或真菌)
有许多因素与选择合适的清洗化学药品和正确的清洗方法有关。一旦辨明污染种类后，建议采用一种或多种清洗药品。有一些清洗液中还添加有洗涤剂，这将有助于清除污染严重的生物和有机杂质。其它的清洗添加有象EDTA之类的螯合剂，这些螯合剂有助于清除胶体、有机物、生物杂质和硫酸盐垢。如果选用不正确的清洗药品或清洗步骤不正确时可能会使污堵更严重。
在选择清洗药品和使用复合聚酰胺膜时有一些注意事项：
·遵守制造商建议的药品选择清单、剂量、pH值、温度和接触时间。
·使用侵蚀性最小的药品完成清洗工作。这些做会延长膜的使用寿命。
·在调节pH值时，一定要审慎以延长膜的使用寿命。药品侵蚀性较小的pH值范围是4~10，允许的最大pH值范围是2~12。
·酸和碱不要混合。在加入下一种溶液之前，彻底冲洗系统以排尽上一次的清洗液。
·用高pH值的产水冲洗出洗涤剂。
·确认遵守正确的清洗液处理要求。